Depuis la rentrée, la prescription des arrêts de travail obéit à de nouvelles règles. Pour les dirigeants de PME, la réforme ne modifie pas les droits des salariés, mais elle a des conséquences concrètes sur la gestion des absences. Voici l’essentiel.
Ce que prévoit la réforme
La mesure trouve son origine dans l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026. Elle a été précisée par le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026.
Ce décret a créé l’article R.162-1-7-1 du code de la sécurité sociale, qui encadre la durée des arrêts et des prolongations prescrits à partir du 1er septembre 2026.
Il fixe deux règles :
- une première prescription d’arrêt maladie est limitée à 31 jours ;
- chaque prolongation est limitée à 62 jours.
La mesure vise les médecins, les sages-femmes et les chirurgiens-dentistes.
Un plafond par prescription, pas une limite à la durée totale de l’arrêt
C’est le point qui prête le plus à confusion.
Un salarié n’est pas obligé de reprendre son poste au bout de 31 ou 62 jours. Son arrêt peut être renouvelé tant que son état de santé l’exige, dès lors que chaque nouvelle prescription respecte le cadre prévu.
Le praticien peut aussi aller au-delà du plafond s’il considère que l’état de santé du patient le justifie. Il doit alors tenir compte des recommandations de la Haute Autorité de santé, lorsqu’il en existe.
Par ailleurs, le motif médical de l’arrêt doit désormais figurer sur le volet adressé au contrôle médical de l’Assurance maladie. Ces informations restent couvertes par le secret médical : l’employeur n’a pas à les connaître ni à les demander.
Quels arrêts sont concernés ?
Le plafond ne s’applique qu’aux arrêts prescrits depuis le 1er septembre 2026. Les arrêts qui étaient déjà en cours à cette date ne changent pas.
En revanche, une prolongation établie après le 1er septembre doit respecter le plafond de 62 jours ou comporter une justification, même si l’arrêt initial date d’avant la réforme.
Quelles conséquences pour les PME ?
En pratique, les arrêts longs donneront lieu à davantage de prescriptions successives. Chaque renouvellement produit une nouvelle prescription, qu’il faut intégrer à la paie et, le cas échéant, à la subrogation.
Pour une PME sans service RH étoffé, le risque est surtout administratif : une prolongation mal suivie peut entraîner une erreur de paie, notamment sur le maintien de salaire.
La check-list de contrôle pour l’employeur :
Organiser le suivi des absences, en particulier pour les arrêts susceptibles de se prolonger.
- Rassurer les salariés : leurs droits restent les mêmes, seul le rythme des prescriptions change.
- Respecter le secret médical : ne jamais interroger le salarié ni son médecin sur le motif de l’arrêt.
- Anticiper le retour des salariés absents longtemps. Depuis le 15 juin 2026, l’employeur peut sous certaines conditions être dispensé de la visite de reprise, par exemple lorsqu’une visite de pré-reprise a eu lieu dans les 30 jours avant le retour sans réserve du médecin du travail.
Un accompagnement pour sécuriser vos pratiques
La gestion des arrêts maladie touche à la fois la paie, la santé au travail et, parfois, le contentieux. Notre cabinet accompagne les employeurs et PME pour adapter leurs procédures internes et sécuriser chaque étape, de l’arrêt jusqu’à la reprise.
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